在政府采购活动中，质疑是供应商维护自身权益的重要途径之一。当供应商对采购过程或结果存在异议时，可以通过合法途径提出质疑，并期待得到及时、合理的回复。为了确保政府采购活动的公平性和透明度，规范质疑回复的格式显得尤为重要。

首先，在回复质疑时，应当明确指出质疑的具体事项和编号，以便于双方能够准确对应问题。例如：“针对贵公司提出的关于XX项目（编号：XXX）的质疑，现作如下答复。”这样的表述方式既简洁明了，又便于后续的沟通与跟进。

其次，对于质疑内容，回复方需要逐一进行详细说明。如果质疑涉及的事实清楚且证据确凿，则应直接予以确认并给出具体依据；若质疑缺乏事实根据，则需提供充分的理由加以反驳，并附上相关证明材料。此外，在处理过程中还应注意保持语气平和、态度诚恳，避免因措辞不当而引发不必要的矛盾。

再者，为体现政府机构的专业性和权威性，在撰写回复函件时应尽量采用正式的语言风格，同时遵守国家有关公文写作的规定。例如，使用第三人称叙述事件经过，避免主观臆断或情绪化表达；引用法律法规条款时务必准确无误，以增强说服力。

最后，考虑到信息传播速度日益加快，建议将正式书面回复同步通过电子邮件或其他电子渠道发送给质疑方，以便其尽快获知结果。同时也可以考虑设立专门的服务热线或在线平台，方便各方随时查询进展情况。

总之，合理规范地制定政府采购质疑回复格式不仅有助于提高工作效率，更能有效化解潜在纠纷，促进整个市场的健康发展。希望相关部门能够在实践中不断完善这一机制，使之更好地服务于广大企业和公众的需求。