根据该条款的规定，当发包方在未完成竣工验收的情况下擅自使用工程时，视为工程质量合格。这意味着发包方不能以工程未经正式验收为由拒绝支付工程款或主张其他权利。然而，这并不意味着承包方可以忽视工程质量的责任。即使发包方已擅自使用工程，承包方仍需对工程的地基基础和主体结构质量承担责任。
此规定的设立，是为了防止发包方滥用验收权，故意拖延或拒绝验收，从而损害承包方的合法权益。同时，它也提醒发包方在使用工程前应尽到合理的注意义务，确保工程的安全性和合规性。
在实际操作中，建议双方在签订合同时明确约定验收程序和时间表，以避免不必要的争议。此外，双方还应遵守相关的法律法规，确保工程的质量和安全符合国家标准和行业规范。
总之，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第十三条的规定，不仅保护了承包方的合法权益，同时也强调了工程质量的重要性，有助于维护建筑市场的健康发展。
