在交通运输行政执法过程中，调查取证是确保案件处理合法合规的重要环节。《交通运输行政执法程序规定》第三章详细规定了调查取证的具体流程和要求，旨在保障执法活动的公平性和透明度。

首先，在进行调查取证时，执法人员必须依法履行职责，遵循法定程序。这意味着所有调查活动都应当基于法律授权，并且要严格遵守相关的法律法规。例如，当需要对某一违法行为进行调查时，执法人员必须出示有效的执法证件，并向当事人说明调查的目的和依据。

其次，调查取证过程中应当充分尊重当事人的合法权益。这包括但不限于告知当事人其享有的权利，如陈述权、申辩权等；同时，还应保护当事人的隐私和个人信息不被泄露。如果涉及敏感信息或个人隐私，执法人员需采取必要措施加以保密。

此外，《交通运输行政执法程序规定》还强调了证据收集的重要性。证据是判定案件事实的基础，因此，执法人员在调查取证时应尽可能全面地搜集相关证据材料。这些证据可以是书面文件、电子数据、视听资料等多种形式。值得注意的是，在获取证据的过程中，任何篡改、伪造或者隐匿证据的行为都是严格禁止的。

最后，为了保证调查取证工作的顺利开展，各级交通运输主管部门应当加强对执法人员的专业培训，提高他们的业务能力和法律素养。同时，建立健全内部监督机制，定期检查和评估执法工作，及时发现并纠正存在的问题。

综上所述，《交通运输行政执法程序规定》第三章关于调查取证的规定为规范交通运输领域的行政执法行为提供了明确指引。通过严格执行相关规定，不仅能够有效维护公共秩序和社会稳定，也能更好地保护公民、法人和其他组织的合法权益。